L'abbé Haffreingue (1785-1871), jeune prêtre et architecte autodidacte entreprend en 1827 La reconstruction de L'église actuelle espérant rétablir le culte marial et le siège de l'évêché.
Les travaux durent près d'un demi-siècle, financés par une souscription. La coupole est achevée en 1854, les tours occidentales dans les années 1870. En 1879, l’église est élevée au titre honorifique de basilique, mais elle ne recouvrera jamais son siège épiscopal. Sa silhouette assez singulière et ses particularités architecturales sont le résultat des méthodes empiriques du constructeur amateur. Le monument survivra aux bombardements de la Seconde Guerre mondiale.
L'autel Torlonia est la pièce maîtresse du mobilier. Cet autel à la romaine est une production italienne luxueuse commandée par le prince Torlonia et offerte à Notre-dame en 1866.
La crypte du 19ème siècle s'étend sous toute la surface de la basilique et constitue surtout le lieu de mémoire de l'église médiévale.
La Basilique Notre Dame de Boulogne-sur-Mer est ouverte :
- du 1er avril au 31 août : de 9h à 12h et de 14h à 18h
- du 1er septembre au 31 mars : de 10h à 12h et de 14h à 17h